Simulaciones Moleculares Reproducibles con Python

Resumen

Explore molecular dynamics simulations using Python's scientific ecosystem, focusing on OpenMM and its tools. Learn how AI and machine learning are revolutionizing this field.

Programa

• Introducción a las Simulaciones Moleculares
Resumen de la Dinámica Molecular (MD)
Importancia de la Reproducibilidad en Simulaciones
Papel de Python en Simulaciones Moleculares
• Python para Computación Científica
Python Básico para Computación Científica
Resumen de Bibliotecas Científicas en Python: NumPy, SciPy y Matplotlib
• Introducción a OpenMM
Configuración de OpenMM
Conceptos Básicos para Crear Simulaciones en OpenMM
Comprensión de Campos de Fuerza y Topologías de Sistemas
• Ejecutar y Analizar Simulaciones MD
Configuración y Ejecución de Simulaciones
Análisis de Trayectorias y Datos de Simulación
Técnicas de Visualización con Python
• Temas Avanzados en Dinámica Molecular
Métodos de Muestreo Mejorado
Cálculos de Energía Libre
Modelado Multiescala
• Aprendizaje Automático en Simulaciones Moleculares
Introducción a los Conceptos de Aprendizaje Automático
Resumen de Herramientas de IA en Python: TensorFlow y PyTorch
Aplicaciones de Aprendizaje Automático en Dinámica Molecular
• Estudios de Caso y Aplicaciones
Estudios de Unión de Proteína-Ligando
Simulaciones de Membranas y Canales Iónicos
Integración de IA para Simulaciones Predictivas
• Mejores Prácticas para Investigación Reproducible
Control de Versiones con Git
Prácticas de Documentación y Notebooks
Empaquetar, Compartir y Publicar Resultados
• Proyecto Final
Diseño de un Flujo de Trabajo de Simulación Reproducible
Implementación de un Modelo de Aprendizaje Automático en Simulaciones
Presentación y Revisión por Pares de Proyectos

---

Materias

Conference Talks