Simulations Moléculaires Reproductibles avec Python

Aperçu

Explore molecular dynamics simulations using Python's scientific ecosystem, focusing on OpenMM and its tools. Learn how AI and machine learning are revolutionizing this field.

Programme

• Introduction aux Simulations Moléculaires
Aperçu de la Dynamique Moléculaire (MD)
Importance de la Reproductibilité dans les Simulations
Rôle de Python dans les Simulations Moléculaires
• Python pour le Calcul Scientifique
Python de Base pour le Calcul Scientifique
Aperçu des Bibliothèques Scientifiques en Python : NumPy, SciPy et Matplotlib
• Introduction à OpenMM
Configuration d’OpenMM
Bases de la Création de Simulations dans OpenMM
Compréhension des Champs de Force et des Topologies de Système
• Exécution et Analyse de Simulations MD
Configuration et Exécution des Simulations
Analyse des Trajectoires et des Données de Simulation
Techniques de Visualisation avec Python
• Sujets Avancés en Dynamique Moléculaire
Méthodes d’Échantillonnage Amélioré
Calculs d’Énergie Libre
Modélisation Multiechelle
• Apprentissage Machine dans les Simulations Moléculaires
Introduction aux Concepts de l'Apprentissage Machine
Aperçu des Outils IA en Python : TensorFlow et PyTorch
Applications de l'Apprentissage Machine en Dynamique Moléculaire
• Études de Cas et Applications
Études de Liaison Protéine-Ligand
Simulations de Membrane et de Canal Ionique
Intégration de l’IA pour des Simulations Prédictives
• Bonnes Pratiques pour une Recherche Reproductible
Gestion de Version avec Git
Documentation et Pratiques de Notebook
Packaging, Partage et Publication des Résultats
• Projet Final
Conception d’un Workflow de Simulation Reproductible
Mise en Œuvre d’un Modèle d’Apprentissage Machine dans les Simulations
Présentation et Évaluation Par les Pairs des Projets

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Matières

Conference Talks